穆德（DavidDuchovny大卫•杜楚尼饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（GillianAnderson吉莲•安德森饰）亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（MitchPileggi饰）帮助寻找搭档，孤枪侠也参与进来。FBI高层则派出探员约翰•多格特（RobertP

Doggett不顾众人的阻拦坚持调查，他开始着手调查一个环保署职员死亡的案件。

沿续上一季的剧情，穆德被印第安人朋友Albert Hosteen救了性命。X档案的编剧似乎有用不完的点子。这季内容包括了湖中水怪、能控制人意识的精神病患、唐人街上的纷争、二次大战时日本的人体实验等等。

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找

美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼DavidDuchovny饰）童年时曾经历一起离奇神秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明。从此穆德便专注于神秘事件的研究，并专门负责FBI总部的X档案部门。因穆德行事乖张，难以驾驭。FBI高层从联邦调查局学院调来女性探员黛娜·斯科莉（吉